沈祖尧2003年带领香港医护人员奋力对抗非典型肺炎，被誉为“沙士英雄”。他在2010年成为港中大校长后颇受学生爱戴。沈祖尧表示，他乐于帮助年轻人的成长，是当年接受这个职位的主要原因。http://www.yixiin.com/
他说，在这七年多任期中，自己差不多完成了当年承诺的事情，包括推动书院发展、落实3+3+4学制改革、推动港中大的国际化、设立港中大深圳分校和教学医院，而感到最骄傲的就是启动“I·CARE博群计划”，通过不同类型的活动，帮助学生全面发展，资助学生研究不同的社会问题，给校园增加了新的气氛，并且可以影响到全社会。
他表示，自己在任时，与学生相处融洽，也受到过学生批评，这也说明双方可以坦诚交流，令他可以明白学生有什么不满。他寄语学生，面对分歧的时候，应“横看成岭侧成峰”，多从别人的角度出发；而思考自己的出路时，也要目光长远，视野开阔。
卸任校长职位后，沈祖尧将重返医学界，在威尔斯亲王医院工作，从事预防肠胃科癌症研究。他用苏东坡的《定风波》的一句“回首向来萧瑟处，归去、也无风雨也无晴”，形容自己此刻心境平静满足，期待新工作的开始。
